干货分享 | 蛋白组样本收集指南

样本的准备是开始蛋白组项目的第一步，也是决定一个项目能否成功的最关键环节。样本取样及时，合理，后续实验数据有代表性，挖掘数据时更有针对性。

科学基础研究中，常见的样本类型包括动物组织样本，细胞样本，血液样本，FFPE样本，体液样本，植物样本等。下面从蛋白组样本送样量、不同样本类型制备流程来进行详细阐述，帮助老师顺利开展实验~~~

一、建议样本送样量

1.1常规蛋白组建议送样量

1.2修饰蛋白组建议送样量

二、蛋白组样本准备指南

2.1 常见动物组织（心、肝、脾、肺、肾、肠、脑、肌肉等）

PBS洗涤去除残留血液和污染物，剔除无关的干扰组织（血管、脂肪、结缔组织等），冲洗干净，用组织剪或手术刀将组织分离成1 cm3左右的小块，液氮速冻5 min，保存在-80 ℃，干冰运输。

2.2 悬浮培养细胞

1) 连同培养基转移到50 mL离心管中；

2) 4 ℃，1000×g离心10 min收集细胞（1×107 个细胞为宜），弃上清；

3) 用预冷的PBS小心重悬清洗沉淀一次，1 ml PBS重悬细胞后转移到新的1.5 ml离心管中，1000×g 离心10 min，收集细胞，弃上清；

4) -80 °C冻存，干冰寄送。

注意事项：

1) 操作尽量迅速，培养基尽量倒干净，建议用滤纸将残留的培养基吸尽。

2) 取对数生长期，培养至同一时期的细胞，建议多准备样本，以备后续使用。

2.3 贴壁培养细胞

1) 用移液器吸除培养基；

2) 加入灭菌PBS（若用移液枪加，则靠着培养皿壁加入，以免将细胞冲起），平放轻轻摇动1分钟洗涤细胞， 然后弃PBS；

3) 用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧（动作要快），将细胞尽量全部转移至离心管中；

4) 细胞刮之后，可以用PBS再涮洗一下，转移到离心管，最后再简单离心收集沉淀；

5) 液氮速冻5 min，保存于-80 ℃，干冰寄送。

2.4 血清

1) 使用采血管收集血液（若含有促凝剂，需轻轻地上下颠倒混匀5~10次）；

2) 室温静置30-60 min，让全血凝集（如果不能及时离心，可以在室温放置30-60 min之后转移至4 ℃，放置不超过4 h要分离血清；）；

3) 4 ℃ 1500-2000×g离心10 min，取上清；

4) 用移液器将上层淡黄色血清转移到离心管中，每管0.2 mL，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心；

5) 液氮速冻5 min，保存于-80 ℃。

2.5 血浆

1) 使用抗凝管采集全血，颠倒混匀8~10次，4℃ 1300-2000×g离心10 min，取上清；

2) 用移液器将血浆转移到离心管中，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心；

3) 液氮速冻5 min，保存于-80 ℃。

注意：EDTA，肝素钠和柠檬酸钠的抗凝管都可进行蛋白组实验，但如果做同时要做代谢建议不采用柠檬酸钠，要做转录组的不要用肝素钠等。

2.6 脑脊液、关节液等体液样本

1000-2000×g 离心5 min，使用0.22 μm滤膜过滤，取上清，液氮速冻5 min，-80 ℃保存，干冰寄送。

2.7 血清血浆-外泌体

1) 用超速离心或其他方法提取外泌体， 用电镜观察外泌体形态（推荐）；

2) 液氮速冻5 min，-80 ℃保存，干冰运输，不要冻融。

2.8 细胞上清-外泌体

1) 细胞在合适的培养基中培养至70%面积，去掉培养基，PBS洗三次；

2) 换用无血清培养基生长一定时间（如24 h）后收集，4 ℃ 300×g离心 10 min取出细胞，取上清；

3) 液氮速冻5 min，-80 ℃保存，干冰运输。

2.9 细胞培养上清

1) 在收集前改用不完全培养基培养，即用不加血清的培养基进行培养。

2) 待细胞铺满 80%左右，用移液枪吸取上清。

3) 4 ℃，6000 rpm离心5 min，弃去底部可能出现的固体沉淀。

4) 液氮速冻5 min，冻存在-80 ℃，干冰寄送。

2.10 石蜡样本

提供10μm 的石蜡切片 10 片/sample以上（每个石蜡切片的重量≥1 mg）。

2.11 LC-MS/MS质谱鉴定

a) 胶条样本

胶条或者泳道皆可，建议考马斯亮蓝染色（条带清晰，无降解）；请用EP管装好，不用加任何保存液，用冰袋寄送即可，颜色非常浅的条带可取多个重复样本放一起。常温保存，冰袋运输。

b) 蛋白溶液样本

如果是磁珠样本，请不要加loading buffer去煮，直接将连着磁珠的蛋白溶液用干冰寄送就好。（如果需要跑胶，建议加loading buffer去煮；如果不跑胶，则不用添加loading buffer）如果不需要跑胶，直接进行溶液内酶解，然后上质谱即可。-80 ℃冻存，干冰运输。

2.12 植物茎、叶、花、根、树皮、种子等

收集样品，液氮速冻（如样品表面有泥土或明显污染物，需要在液氮速冻前用PBS清洗，吸水纸吸去表面液体），液氮速冻至少5 min，保存-80 ℃。

2.13 细菌

1) 收集菌液，4 ℃，3000-5000×g离心10 min，收集菌体（1×108个细菌为宜），弃上清。

2) 用预冷的PBS小心重悬清洗沉淀3 次，每次4 °C，3000-5000×g离心10 min，弃上清。

3) 收集管底沉淀，液氮速冻5 min，-80 °C冻存，干冰寄送。

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