微生物组学介绍
扩增子测序是微生物组分析中使用最广泛的测序方法，几乎可以应用于所有类型的样品。然而，该技术只能达到“属”级分辨率。宏基因组测序不仅将分类学分辨率扩展到“种”或“株”的水平，而且还提供了潜在的功能信息，宏基因组测序也使得从短片段组装微生物基因组成为可能。
16s/ITS/18s扩增子测序
16S rRNA基因普遍存在于细菌和古细菌中，具有多个拷贝数，全长1500 bp左右，其结构由9个可变区(variable region)和10个保守区(conserved region)交替组成。基于16S rRNA扩增子测序（如V3-V4）的微生物群落多样性分析方法已被广泛应用，通过分析微生物群落中物种分布、群落特征和功能，寻找不同样本或组间的差异菌群，挖掘样本表型与微生物群落特征的关联，进而阐明微生物与环境间的相互作用关系。
生物信息学分析内容
宏基因组
宏基因组学（Metagenomics）又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库，利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。
生物信息学分析内容
宏病毒组
宏病毒组（Virome）直接以样本中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定样本中所有的病毒组成，不仅在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用，在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。宏病毒组学应用广泛，可应用于人或动物肠道或者血液样本、水样、土壤样本等的研究。
细菌/真菌denovo测序
细菌基因组de novo是对细菌基因组测序后从头组装。步骤为先将细菌的染色DNA机械地随机切割成一定相对分子质量范围的片段，根据不同的测序策略，构建对应大小文库，然后进行大规模测序。细菌de novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制，关键功能基因的重要工具。可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面，可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等；在研究细菌进化方面，可以研究种内进化关系。
真菌基因组de novo测序，是一种在无参考基因组的情况下，对微生物基因组序列进行从头组装，并结合数据库对基因组进行注释，以此为基础开展相关下游分析的产品。随着测序技术的发展、测序成本的降低，完成某真菌的全基因组序列图谱已成为必然趋势。一个物种基因组序列图谱的完成，将带动该物种一系列后续研究的开展。
