神经元之间的环路连接非常复杂，完整而准确地显示这些环路的结构和变化，对揭示许多疾病的病因和新治疗方法的开发具有非常重要的意义。
传统的神经示踪方法如电镜、Golgi染色、染料、肽类标记物等可以显示神经元的形态和投射，少数示踪剂如WGA、TTC等还可以实现跨突触标记，但这些方法都具有信号间接、方向不特异、跨突触后信号衰减严重等缺点，最重要的是，这些染料无法携带基因，因此只能显色。自20世纪80年代，Kristensson首次应用单纯疱疹病毒（HSV）跨突触标记神经元后，各种各样病毒载体在环路示踪方面的应用越来越受到重视。
但需要注意的是，虽然这类嗜神经病毒对于神经环路的标记具有很强的感染性和特异性，但其免疫原性很强，动物往往在注射后数天死亡，无法进行行为测试或者生理研究，目前更适用于寻找未知的神经环路，此外此类病毒需要PII以上等级的实验室。因此，越来越多的研究使用AAV进行环路示踪标记。由于AAV本身无复制能力，且其免疫原性极低，因而其不会造成大量的毒害，亦不会影响动物的正常生理，故AAV成为最常用的环路示踪工具病毒载体。
神经元是具有极性的细胞，信息从上一级神经元的轴突通过突触传递到下一级神经元的树突，之后发生树突、胞体的信息整合，并通过轴突再次发出。因此涉及神经环路的标记包括方向性（顺向：胞体至轴突的标记；逆向：轴突至胞体的标记）和是否跨突触两大基本问题。
